Um dos pontos mais polémicos da lei prende-se com a possível autorização que Gordon Brown quer dar aos cientistas de poderem criar células híbridas, a partir de células de origem animal e material genético humano, para obter células estaminais embrionárias para investigação. Em todo o mundo a doação de células humanas é cada vez mais difícil e os cientistas invocam que está em causa o desenvolvimento de terapias inovadoras para combater doenças degenerativas, por exemplo, em que o estudo das células estaminais embrionárias pode ser decisivo.
Para o cardeal Murphy-OConnor, chefe da igreja católica em Inglaterra e País de Gales, é necessário que os trabalhistas tenham liberdade de voto na aprovação da lei, ou até em relação à aprovação de certas alíneas do documento, respeitando assim as suas convicções: Certamente que há aspectos na lei que eu acredito que deviam ter liberdade de voto, disse o cardeal numa entrevista à Sky News. Esta não é matéria para ser tratada sob chicote no partido, acrescentou.
Para além da questão em torno das células híbridas, outra fonte de polémica é a possibilidade que a lei agora trás de, segundo técnicas de fertilização medicamente assistida, um embrião poder ser manipulado de modo a formar-se a partir de material genético de dois dadores, o que permitiria a um casal homossexual ter legalmente a paternidade genética de uma criança assim gerada.
Joe Benton, deputado trabalhista e católico afirmou à BBC News que muitos colegas de bancada estão prontos para desafiar o Governo se não houver liberdade de voto nesta questão. E Paul Murphy, deputado pelo País de Gales, afirma que, caso não possa votar contra, prefere abandonar o cargo.
Para Stephen Byers, antigo ministro de Tony Blair, não conceder a liberdade de voto será encarado como um descrédito para o primeiro-ministro.
Esta alteração à lei arrasta-se desde 2007, quando, devido à complexidade ética do tema, a Autoridade para a Fertilidade Humana e Embriologia, a entidade britânica que regula esta matéria, decidiu adiar a alteração à lei por um ano para abrir a polémica ao debate público, facto então bem recebido pelos cientistas que, embora ansiando por meter as mãos na investigação, temiam a proibição total do estudo de híbridos.
A única vez que um grupo de investigadores britânicos combinou material genético animal e humano foi em 2004, quando uma equipa de Cambridge fundiu ovócitos de rã com núcleos de células humanas. Em alguns estados dos EUA e na China, este tipo de investigação é realizada.
O líder dos conservadores, David Cameron, bem como o liberal democrata Nick Clegg, já deram liberdade de voto às suas bancadas.