No final de Agosto de 2004, a organização holandesa "Women on Waves", seis cidadãos holandeses e quatro associações portuguesas moveram uma acção contra o Ministério da Defesa Nacional e o Instituto Portuário e dos Transportes Marítimos, sob a forma de um processo urgente de intimação para protecção de direitos, liberdades e garantias. "A 1ª Secção do Supremo Tribunal Administrativo (STA) decidiu, no passado dia 16 de Fevereiro, por unanimidade, não levar em linha de conta os argumentos utilizados pelas referidas associações e pelos cidadãos holandeses, não tendo sequer admitido o recurso interposto", anunciou o Ministério da Defesa, num comunicado enviado à agência Lusa.
Uma das associações que promoveram a vinda a Portugal da embarcação "Borndiep" confirmou a notificação que dá conta da posição do STA. "A associação foi notificada de que o Supremo Tribunal Administrativo decidiu não tomar qualquer posição em relação à questão devido ao facto de a embarcação já não se encontrar em Portugal", disse Paulo Vieira, da associação "Não te Prives".
A "Não te Prives" (Grupo de Defesa dos Direitos Sexuais), a Acção Jovem para a Paz, a União Mulheres Alternativa e Resposta (UMAR) e o Clube Safo foram as quatro associações que constituíram a plataforma que trouxe a Portugal o "Borndiep", com o intuito de disponibilizar, em águas internacionais, a pílula abortiva e promover o debate sobre a despenalização do aborto. "Com esta decisão do Supremo, está dado por encerrado o caso do chamado "Barco do Aborto", não podendo as referidas associações nem os citados seis cidadãos holandeses recorrerem para mais nenhuma instância" em Portugal, acrescenta o ministério de Paulo Portas. A 27 de Agosto, o Governo português proibiu a entrada do navio em águas territoriais nacionais, alegando "o respeito pelas leis portuguesas" e por se tratar de uma questão de "saúde pública". A 6 de Setembro de 2004, o Tribunal Administrativo e Fiscal de Coimbra considerou não ser indispensável para assegurar o exercício daqueles direitos fundamentais de expressão, informação, reunião e de manifestação dos autores, a concessão de autorização de entrada e atracação do navio "Borndiep" no porto da Figueira da Foz, indeferindo em consequência os pedidos formulados. As associações recorreram então para o Tribunal Central Administrativo Norte, que, a 16 de Dezembro último, confirmou a decisão da primeira instância. A "Women on Waves", as associações portuguesas e os seis cidadãos holandeses recorreram depois para o Supremo Tribunal Administrativo, que, a 16 de Fevereiro, manteve a decisão do Tribunal Central Administrativo Norte. "Esgotadas que foram as três instâncias previstas na lei, o Ministério da Defesa Nacional não perdeu em nenhuma delas", afirmou a tutela. Não querendo comentar questões legais, Paulo Vieira afirma que a associação equaciona a hipótese de recorrer para o Tribunal Europeu de Direitos Humanos, dada a "ineficiência do sistema penal português".
