Toffoli ainda Advogado Geral da União (AGU), fez saber que é contra o facto de a Constituição Brasileira discriminar as pessoas homossexuais.

Toffoli disse: "Como agente do Estado, hoje na AGU, amanhã, se Vs Exªs concederem, no STF, não posso agir como eu penso da minha fé. Tenho de agir de acordo com a Constituição. Se há vedação da discriminação, eu entendo que este fato social (a homossexualidade) seja reconhecido pelo estado, que não haja essa discriminação com estas pessoas".

Apresenta-se como um católico convicto, mas diz que não pode aceitar que esta população, referindo-se as pessoas homossexuais, seja discriminada pelo Estado, referindo que a homoafectividade é uma realidade social e não deve ser ignorada pelo Estado, defendendo desta forma a União Civil entre pessoas do mesmo sexo.

Neste momento José Toffoli está dependente da aprovação da Comissão de Constituição e Justiça do Senado para ocupar o lugar no Supremo.