Durante a sua carreira de 40 anos, que envolveu uma forte oposição ao IRA e até ao Papa, Paisley era também um dos principais opositores dos direitos LGBT.

Em 1977 lançou uma campanha chamada “Save Ulster from Sodomy” (Salvar o Ulster da Sodomia), que criminalizava atos homossexuais na Irlanda do Norte, mesmo após a sua discriminalização em 1967 em Inglaterra e no País de Gales. No entanto, a campanha falhou e os atos homossexuais acabaram por ser discriminalizados em 1982.

Ainda em 2004 Paisley continuava a ter influência política, visto que, em conjunto com outros deputados, adiou a votação de uma lei de união civil, devido ao seu envolvimento no processo de paz na Irlanda do Norte.